L’Education Nationale est présente dans certains hôpitaux (Robert Debré, Necker, Pitié Salpêtrière, Trousseau, Kremlin Bicêtre, Pontoise) et dispose d’un centre scolaire. Toutefois, les dotations horaires de l’Education Nationale dans ces établissements ne peuvent couvrir toutes les demandes de cours, notamment pour les élèves du second degré. Les enseignants bénévoles de L’Ecole à l’Hôpital interviennent alors en complément des équipes de l’Education Nationale, principalement auprès de jeunes collégiens et lycéens mais également de jeunes hospitalisés dans des services d’adultes. Ce partenariat d’excellence fonctionne depuis de nombreuses années et permet d’offrir une scolarité cohérente à tous les jeunes hospitalisés.
Chaque année, l’Education Nationale et l’association joignent leurs efforts pour préparer des jeunes à des épreuves comme le brevet et le baccalauréat et s’organisent même parfois pour faire passer les épreuves dans les hôpitaux.